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2018-2019年輝駿生物客戶高分文章解析

2018-2019兩年,我們又喜提了多位合作老師們的高分文章,首先恭喜各位老師,同時也感謝公司各部門員工們的努力。
 

從這幾篇客戶文章的情況來看,采用蛋白質、核酸相互作用的方法來篩選關鍵蛋白,研究其信號通路,是提升文章點數的一種很有效的方法。
 

以往研究信號通路,很多老師習慣于套用類似樣本的已有研究成果來做“復制型”研究,由于缺乏創新性,很難收獲好的成果,F在,這類篩選型的研究方法,或許可以為您的科研之路打開新的大門。
 

所謂篩選型的互作組學方法,即先經過常規的Co-IP、RNA pull down、ChIP等實驗獲得的蛋白或核酸產物,采用質譜或測序的方法來檢測,可以一次性獲得大量的結合蛋白/核酸信息。為了方便各位老師的后續篩選工作,我們還會對這些結果進行生物信息學分析。

 

常見的研究方法列舉如下
 

1)研究關鍵蛋白的結合DNA或RNA:ChIP-seq、RIP-seq。
 

2)研究關鍵蛋白的結合蛋白:Co-IP-MS、GST pull down-MS、TAP-MS、SILAC-IP-MS。
 

3)研究關鍵RNA(例如某些重要的lncRNA)或DNA(例如某段啟動子序列)的結合蛋白:RNA pull down、DNA pull down。
 

為了方便其他老師更好的了解這些文章內容,我們為大家做了簡單匯總。
 

Jiang, S. et al: Cholesterol Induces Epithelial-to-Mesenchymal Transition of Prostate Cancer Cells by Suppressing Degradation of EGFR through APMAP. Cancer Research, 79(12):3063-3075 (2019). ( IF: 9.13)
【研究內容】:前期研究發現,膽固醇能夠引起前列腺癌細胞中的APMAP和EGFR蛋白在脂筏上積累并促進細胞發生EMT,并且APMAP通過EGFR起作用,但具體如何作用呢?在本研究中,作者利用Co-IP-MS篩選方法,試圖找到APMAP的結合蛋白。當在細胞中過表達APMAP-3*FLAG后,采用flag抗體做Co-IP實驗,質譜檢測富集到的蛋白成分,并結合生物信息學分析,找到了與APMAP相互作用的蛋白EPS15R;經過一系列基因表達、細胞功能檢測,最終驗證了APMAP/EPS15R/EGFR通路,即APMAP和EPS15R復合物調控了EGFR蛋白的穩定性,進而影響前列腺癌細胞的EMT。

我們的服務:Co-IP-MS/MS,生物信息學分析。

 

Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019).(IF: 11.471).
【研究內容】:本研究報道了特有囊泡運輸調控蛋白FREE1蛋白穿梭入核,在轉錄水平調控植物ABA信號的全新功能,并揭示了其作用機制。在本研究中,作者發現脫落酸(ABA)處理會導致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修飾并進入細胞核,在細胞核內FREE1蛋白會與ABA信號途徑的重要轉錄因子ABI5等互作并抑制其轉錄激活活性。其中,為了驗證FREE1蛋白中受ABA影響的磷酸化位點,作者用
BA處理樣本后,采用IP方法富集了FREE1和FREE1突變體,之后用LC-MS/MS技術檢測了FREE1及其突變體的磷酸化位點。

我們的服務:IP-MS/MS磷酸化位點檢測。

 

Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids (2019).(IF: 5.66).
【研究內容】:miR-181a在白血病特別是慢性粒細胞白血。–ML)中表達下調,并影響疾病發展、耐藥性和預后,但其靶基因的分子機制尚不清楚。該文章通過基因芯片,SILAC蛋白組學等方法聯合分析,發現PPFIA1是miR-181a的直接靶基因。當敲低細胞中的PPFIA1后,KIT信號分子的磷酸化水平明顯下調。那么PARP1是如何發揮作用的呢,作者通過Co-IPMS實驗發現,PARP1會結合PPFIA1,并通過激活核受體kappa B(NF-kB)-P65的表達而上調KIT蛋白;抑制PPFIA1或PARP1能夠下調c-KIT水平,抑制CML細胞生長,并延長小鼠存活期?偟膩碚f,該研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子調節軸,并提出PPFIA1和PARP1可能是潛在的CML治療靶點。

我們的服務:SILAC、Co-IP-MS/MS。

 

Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220(2018).( IF:26.919 )
【研究內容】:該研究開發了一種分離RNA結合蛋白的新技術—RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry):用EU(ethynyluridine)來標記細胞內的RNA,再將EU生物素化,利用核酸標記,將新合成的RNA標記上生物素,最后通過鏈霉親和素偶聯的磁珠,分離得到相應被標記RNA分子和與其相結合的蛋白分子,包括非polyA RNA和新生RNA在內的一系列RNA分子及其結合蛋白。

我們的服務:LC-MS/MS。

 

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018). ( IF:19.064 )
【研究內容】:通過分析轉錄抑制復合物NCoR/SMRT在不同細胞環境中的作用,發現該抑制復合物作為體細胞重編程中新的限制因素,對重編程因子誘導的相關基因表達調控起了至關重要的抑制作用,涉及的具體機制是該復合物中組蛋白去乙;窰DAC3對目的基因進行了特異性組蛋白去乙;揎,從而導致重編程因子無法有效地激活內源性的多能性基因。

我們的服務:ChIP。

 

Bai X.C. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis, 0:1–9(2018). ( IF:12.35 ).
【研究內容】:骨關節炎和軟骨退變過程中,WNT/β-catenin被激活的機制尚未完全明確,本研究利用iTRAQ蛋白質組學技術,篩選了年輕(2月齡)和老齡(12月齡)小鼠的蛋白表達差異,并發現一種在老年軟骨中強烈上調(12.47倍)的蛋白——酪氨酸激酶Fyn,后續 Western Blot實驗和動物實驗都證實了這一結果。為了探究Fyn促進骨關節炎發展的機制,作者將免疫沉淀(IP)與蛋白質組學分析相結合,以鑒定軟骨原代細胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白,并在純化的復合物中發現了β-catenin的肽序列,表明β-catenin潛在的結合伴侶Fyn。最終證明酪氨酸激酶Fyn可以通過激活β-catenin通路促進關節炎。

我們的服務:iTRAQ,LC-MS/MS。

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