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ChIRP

技術概述
ChIRP是研究體內RNA與蛋白互作的有力工具。該技術在特定時間點用甲醛交聯等方式固定細胞內RNA與蛋白及核酸的互作復合物,再利用生物素標記的探針及鏈霉親和素磁珠純化出靶RNA及其與它結合的蛋白、核酸復合物,復合物中的蛋白質被洗脫下來做western-blot,可以驗證某個蛋白是否與靶RNA結合;洗脫下來的蛋白液做質譜鑒定,即可篩選出與目的RNA結合的蛋白。
 


技術原理 

生物素與鏈霉親和素間的作用是目前已知強度最高的非共價作用;其中活化生物素可以在蛋白質交聯劑的介導下,與已知的幾乎所有生物大分子偶聯。

ChIRP技術利用生物素標記探針識別靶RNA,在純化靶RNA的同時將與它結合的蛋白也一并純化出來,洗脫得到靶RNA的結合蛋白質。
 


技術應用

RNA結合蛋白在體內條件下的驗證和篩選。



技術流程



 
服務信息


ChIRP 

參考文獻

1.Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions. Mol Cell 44(4):667-678 (2011).
       
2.Chromatin isolation by RNA purification (ChIRP).J Vis Exp (61).(2012)
       
3.Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell 161(2):404-416(2015).

 

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