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成功案例

 

  從2008年開展業務以來,輝駿生物已為各地科研單位完成上萬張雙向凝膠電泳,數萬個蛋白質的質譜鑒定?蛻舨捎梦覀兲峁┑姆⻊諗祿,成功發表數十篇SCI論文和國內核心期刊論文。
 

部分客戶發表SCI論文:

Jiang, S. et al: Cholesterol Induces Epithelial-to-Mesenchymal Transition of Prostate Cancer Cells by Suppressing Degradation of EGFR through APMAP. Cancer Research, 79(12):3063-3075 (2019). ( IF: 9.13)
【研究內容】:前期研究發現,膽固醇能夠引起前列腺癌細胞中的APMAP和EGFR蛋白在脂筏上積累并促進細胞發生EMT, 并且APMAP通過EGFR起作用,但具體如何作用呢?在本研究中,作者利用Co-IP-MS篩選方法,試圖找到APMAP的結合蛋白。當在細胞中過表達APMAP-3*FLAG后,采用flag抗體做Co-IP實驗,質譜檢測富集到的蛋白成分,并結合生物信息學分析,找到了與APMAP相互作用的蛋白EPS15R;經過一系列基因表達、細胞功能檢測,最終驗證了APMAP/EPS15R/EGFR通路,即APMAP和EPS15R復合物調控了EGFR蛋白的穩定性,進而影響前列腺癌細胞的EMT。
我們的技術服務:Co-IP-MS/MS,生物信息學分析。
 

Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019). (IF: 11.471).
【研究內容】:本研究報道了特有囊泡運輸調控蛋白FREE1蛋白穿梭入核,在轉錄水平調控植物ABA信號的全新功能,并揭示了其作用機制。在本研究中,作者發現脫落酸(ABA)處理會導致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修飾并進入細胞核,在細胞核內FREE1蛋白會與ABA信號途徑的重要轉錄因子ABI5等互作并抑制其轉錄激活活性。其中,為了驗證FREE1蛋白中受ABA影響的磷酸化位點,作者用ABA處理樣本后,采用IP方法富集了FREE1和FREE1突變體,之后用LC-MS/MS技術檢測了FREE1及其突變體的磷酸化位點。
我們的技術服務:IP-MS/MS磷酸化位點檢測。

Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids (2019). (IF: 5.66).
【研究內容】:miR-181a在白血病特別是慢性粒細胞白血。CML)中表達下調,并影響疾病發展、耐藥性和預后,但其靶基因的分子機制尚不清楚。該文章通過基因芯片,SILAC蛋白組學等方法聯合分析,發現PPFIA1miR-181a的直接靶基因。當敲低細胞中的PPFIA1后,KIT信號分子的磷酸化水平明顯下調。另外,CoIP-MS實驗發現,PARP1會結合PPFIA1,并通過激活核受體kappa B(NF-kB)-P65的表達而上調KIT蛋白;抑制PPFIA1PARP1能夠下調c-KIT水平,抑制CML細胞生長,并延長小鼠存活期?偟膩碚f,該研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子調節軸,并提出PPFIA1PARP1可能是潛在的CML治療靶點。
我們的技術服務:SILAC、Co-IP-MS/MS。

Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220(2018).( IF: 26.919 )
【研究內容】:該研究開發了一種分離 RNA 結合蛋白的新技術——RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry):用EU(ethynyluridine)來標記細胞內的RNA,再將EU生物素化,利用核酸標記,將新合成的RNA標記上生物素,最后通過鏈霉親和素偶聯的磁珠,分離得到相應被標記RNA分子和與其相結合的蛋白分子,包括非polyA RNA和新生RNA在內的一系列RNA分子及其結合蛋白。
我們的技術服務:LC-MS/MS。

Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018). ( IF: 19.064 )
【研究內容】:通過分析轉錄抑制復合物NCoR/SMRT在不同細胞環境中的作用,發現該抑制復合物作為體細胞重編程中新的限制因素,對重編程因子誘導的相關基因表達調控起了至關重要的抑制作用,涉及的具體機制是該復合物中組蛋白去乙;窰DAC3對目的基因進行了特異性組蛋白去乙;揎,從而導致重編程因子無法有效地激活內源性的多能性基因。
我們的技術服務:ChIP。

Bai X.C. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis, 0:1–9(2018). ( IF: 12.35 ).
【研究內容】:骨關節炎和軟骨退變過程中,WNT/β-catenin被激活的機制尚未完全明確,本研究利用iTRAQ蛋白質組學技術,篩選了年輕(2月齡)和老齡(12月齡)小鼠的蛋白表達差異,并發現一種在老年軟骨中強烈上調(12.47倍)的蛋白——酪氨酸激酶Fyn,后續 Western Blot實驗和動物實驗都證實了這一結果。為了探究Fyn促進骨關節炎發展的機制,作者將免疫沉淀(IP)與蛋白質組學分析相結合,以鑒定軟骨原代細胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白,并在純化的復合物中發現了β-catenin的肽序列,表明β-catenin潛在的結合伴侶Fyn。最終證明酪氨酸激酶Fyn可以通過激活β-catenin通路促進關節炎。
我們的技術服務:iTRAQ,LC-MS/MS。

He L.F. et al: FEN1 promotes tumor progression and confers cisplatin resistance in non-small-cell lung cancer. Molecular Oncology, 11(9):1302-1303 (2017) .( IF:5.314 ).
【研究內容】:作者發現FEN1在肺癌細胞中高表達,是堿基切除修復通路的重要組分,在維持基因組穩定性方面發揮重要作用。FEN1對肺癌細胞增殖來說很關鍵,抑制FEN1會導致DNA復制能力下降和DNA損傷積累,最終引發凋亡。FEN1量的改變還會影響肺癌細胞對化療藥物的響應。在小鼠實驗中,FEN1抑制劑的使用也能夠阻礙肺癌的發展。因此,該研究指出FEN1的有效利用可能會為肺癌靶向治療提供幫助。
我們的技術服務:慢病毒。

Yang M. et al: Pattern of Protein Expression in Developing Wheat Grains Identified through Proteomic Analysis. Front Plant Sci, 8:962(2017) .( IF: 4.298 ).
【研究內容】:為了探索谷類作物早期發育的分子機制,作者分別收集高、低產小麥品種在三個不同發育階段的樣本,采用iTRAQ技術得到了這些樣本的蛋白質組表達差異。實驗共鑒定了3600個蛋白,其中130個蛋白在2個小麥品種間存在表達差異,306個蛋白隨著發育階段的不同而表現出水平變化。針對差異蛋白的生物信息學分析,進一步為其參與的分子機制研究提供了參考。
我們的技術服務:iTRAQ,生物信息學分析。

Identification of Nucleobindin-2 as a Potential Biomarker for Breast Cancer Metastasis Using iTRAQ-based Quantitative Proteomic Analysis. J Cancer, 8(15):3062-3069(2017) .( IF: 3.249 ).
【研究內容】:癌轉移是乳腺癌發展的致命步驟,至今還沒有明確的可用于診斷的乳腺癌轉移標志物,本研究旨在尋找乳腺癌轉移標志物及能表明患者預后的關鍵因子。作者收集了23對早期乳腺腫瘤及轉移淋巴結樣本,做了iTRAQ蛋白質組學檢測,鑒定出4837個蛋白,其中643個蛋白在兩類樣本中存在表達差異,并發現了對乳腺癌患者來說的關鍵危險蛋白NUCB2,揭示NUCB2或許可以作為一個潛在的標志物來指示乳腺癌的轉移和預后。
我們的技術服務:iTRAQ,LC-MS/MS。

Zhou C.X. et al: Global iTRAQ-based proteomic profiling of Toxoplasma gondii oocysts during sporulation. J Proteomics, 148:12-19 (2016).
【研究內容】:弓形蟲是醫學和經濟中重要的原生動物寄生蟲,而其孢子形成的分子機制仍未知。為探索有關分子機制,作者對孢子形成期和非孢子形成期弓形蟲卵囊的蛋白表達譜進行了分析。利用iTRAQ和2D LC-MS/MS技術共鑒定到2095個蛋白,其中有587個差異表達蛋白。GO富集和KEGG pathway分析表明,這些差異蛋白是一些與氨基酸、碳和能量代謝相關的蛋白。蛋白互作網絡STRING分析,鑒定ACL、GMP合成酶、IMP脫氫酶、PARG和DHFR-TS為5個高級互作中心。另外,作者還鑒定到25個在孢子形成期卵囊中高表達的寄生蟲毒性因子?紤]到卵囊在弓形蟲病傳播中的重要作用,這些研究結果將為尋找在卵囊感染力和生態成功方面起重要作用的蛋白提供一定參考,從而為發展更有效的疾病防預方法創造新機遇。
我們的技術服務iTRAQ,生物信息學GO、pathway分析等。

Sun, H. et al: The FEN1 L209P mutation interferes with long-patch base excision repair and induces cellular transformation. Oncogene (2016).
【研究內容】:FEN1是多功能的,含特殊結構的核酸酶,它在維持人基因組的穩定性中有重要作用。人癌癥樣本中,檢測到有FEN1突變的,這種突變顯示基因組的穩定性變差和癌變傾向。然而,FEN1功能缺失與癌癥易感性的關系并不清楚。在本研究中,作者發現了新的與直腸癌相關的FEN1突變,L209P。該突變缺乏FEN1的側翼內切酶活性、外切酶活性及缺口內切酶活性,但保留了DNA結合特性。體內和體外實驗表明,L209P突變子能干擾野生型FEN1的功能。且表達L209P突變的細胞,對基因損傷更敏感,從而導致細胞內基因組的不穩定和細胞轉化;同時,移植L209P突變細胞的模型小鼠會長出腫瘤。這些數據表明,人癌癥相關FEN1遺傳改變,非常有利于癌癥的發展。
我們的技術服務慢病毒載體構建及包裝。

Hua, Y. et al: iTRAQ-based quantitative proteomic analysis of cultivated Pseudostellaria heterophylla and its wild-type. J Proteomics, 139:13-25 (2016).
【研究內容】:太子參是我國重要的傳統中藥,藥效顯著且藥性溫和,應用比較廣泛,市場需求大。為探究栽培型和野生型太子參的蛋白質組的差異,作者以太子參的轉錄組數據(該物種暫無參考基因組)建立參考數據庫,對以上兩種類型的太子參的蛋白組進行了分析比較。利用iTRAQ技術共鑒定到3775個蛋白,其中差異表達的蛋白有322個。根據蛋白的GO注釋、KEGG通路分析、STRING分析結果及蛋白的表達差異情況,共選擇了其中71個差異表達蛋白進行qRT-PCR定量分析,證實了蛋白表達譜的準確性。分析結果表明,栽培型太子參的碳水化合物和氨基酸代謝強度比野生型弱,并發現7個參與蔗糖和氨基酸代謝調控的重要蛋白。這些結果為探索栽培型和野生型太子參的次生代謝差異及品質差異形成的蛋白機理提供了基礎。
我們的技術服務iTRAQ,生物信息學GO、pathway分析等。

Guo, X. et al: iTRAQ-based comparative proteomic analysis of Vero cells infected with virulent and CV777 vaccine strain-like strains of porcine epidemic diarrhea virus. J Proteomics, 130:65-75 (2016).
【研究內容】:為剖析強毒性豬流行性腹瀉病毒CH/YNKM-8/2013的潛在致病機理,及闡明強毒株和CV777疫苗株樣病毒株感染宿主的差異,作者對感染不同病毒的非洲綠猴腎異倍體細胞的蛋白質組進行了分析比較。利用iTRAQ技術分別在感染強毒株和CV777疫苗株樣病毒株的細胞中鑒定到661和474個差異表達蛋白。常規信號通路和參與流行性腹瀉病毒感染的功能網絡的生物信息學分析結合后續綜合研究,揭示了強毒株病毒通過下調mTOR及其下游靶蛋白4EBP1和p70S6K的活性來抑制宿主細胞的蛋白合成。另外,強毒株比CV777疫苗株樣病毒株激活NF-κB通路的能力更強,從而引起更激烈的炎癥級聯反應。這些數據為闡述流行性腹瀉病的發病機理提供了新視野,并為探索有效的治療方法提供了參考。
我們的技術服務iTRAQ,生物信息學GO、pathway分析等。

Zhai, Y et al: Activation of the TOR Signalling Pathway by Glutamine Regulates Insect Fecundity. Sci Rep, 5:10694 (2015).
【研究內容】:在響應營養信號(如氨基酸)后,TOR會積極控制細胞生長。然而,已知的能被Gln響應的特定營養物質有限。Gln是生物機體代謝過程中重要的氨基酸,由Gln合成酶(glutamine synthetase,GS)催化合成;作者的前期研究表明,Gln在體內可能調控了褐飛虱的繁殖能力。但現在仍不清楚Gln是否激活或抑制TOR信號通路。為探研Gln與TOR信號通路的相關性,作者利用DGE和iTRAQ技術對GS RNAi干擾組和正常組褐飛虱的轉錄組和蛋白組進行了分析比較,發現兩組數據中有52個信號通路是共有的,其中包括TOR信號通路。進一步實驗結果表明,Gln通過促進AKT的活性及抑制AMPK的活性來激活TOR信號通路;且TOR通過介導vitellogenin的表達來調節褐飛虱的繁殖能力。該研究首次報導Gln能在體內激活TOR途徑。
我們的技術服務iTRAQ,生物信息學GO、pathway分析等。

Xu, M. et al: Proteomic Analysis of Fetal Ovary Reveals That Ovarian Developmental Potential Is Greater in Meishan Pigs than in Yorkshire Pigs. PLoS One, 10(8):e0135514 (2015).
【研究內容】:為深入認識豬胎兒卵巢的發育過程及闡述梅山豬與國外豬種的胎兒卵巢發育差異,作者對妊娠期55天及90天兩個發育時間點的梅山母豬和約克郡母豬的胎兒卵巢蛋白質表達譜進行了比較分析。利用2D-DIGE技術,分別在55天和90天妊娠期的豬胎兒卵巢中鑒定到1551和1400個蛋白。其中,在55天妊娠期的胎兒卵巢有27差異表達的蛋白,而在90天妊娠期的胎兒卵巢則有18個差異表達蛋白;這些差異表達的蛋白主要是一些具有酶催化活性或參與細胞死亡、應激反應等生物過程的蛋白。進一步研究發現,alpha-1-antitrypsin、actin、vimentin和PP2A能促進55天妊娠期約克郡母豬的早期卵泡形成;而低表達的熱激蛋白和高表達的AFP蛋白可能促進90天妊娠期梅山豬卵泡的發育。并且,低表達的熱激蛋白和高表達的AFP蛋白還能明顯降低肥胖梅山豬感染生殖疾病的風險,并能促進排卵,表明這些蛋白的表達水平可能與肥胖豬的生殖能力密切相關。梅山母豬的卵巢發育能力比約克郡母豬的更大。
我們的技術服務2D-DIGE,MALDI-TOF-TOF MS,生物信息學GO、pathway分析等。

Guo, H.C. et al: Quantitative Proteomic Analysis of BHK-21 Cells Infected with Foot-and-Mouth Disease Virus Serotype Asia 1. PLoS One, 10(7):e0132384 (2015).
【研究內容】:為揭示口蹄疫病毒(FMDV)感染宿主細胞的分子機制,作者對FMDV 感染組BHK-21細胞和正常BHK-21細胞的定量蛋白質組學進行了分析。利用SILAC_LC-MS/MS技術共鑒定到2141個蛋白,發現在FMDV 感染組中顯著上調和顯著下調表達的蛋白分別有57和96個。根據蛋白表達差異顯著性和(或)與雙鏈RNA依賴的蛋白激酶R信號(PKR)通路網絡的相關性,分別選了3個顯著下調(VPS28、PKR及 EVI5)和3個顯著上調(LYPLA1、SEC62及DARs)的蛋白進行了驗證。利用RNAi對這些蛋白的功能進行研究,用Western Blot等實驗來證實這些蛋白在FMDV復制中的重要功能。結果表明,FMDV可能通過改變宿主細胞中某些蛋白的表達水平,來制造利于感染的環境。
我們的技術服務SILAC,LC-MS/MS,生物信息學GO、pathway分析等。

Qiu, M. et al: Comparative proteomics analysis of Bacillus amyloliquefaciens SQR9 revealed the key proteins involved in in situ root colonization. Journal of proteome research, 13(12):5581-5591 (2014).
【研究內容】:為找到根際細菌與植物互作過程中,可能起重要作用的蛋白,作者對“根際型”和“游離型”解淀粉芽孢桿菌株SQR9的蛋白質組進行了比較。利用iTRAQ技術共鑒定到755個蛋白,“根際型”與“游離型”SQR9比,顯著上調和下調的蛋白分別有78和 95個。分析發現與根部定殖(Root Colonization)密切相關的蛋白,是一些具有生物控制、解毒、生物膜形成、細胞運動、趨化性、轉運和植物多糖降解作用的蛋白。對“根際型”SQR9中顯著上調100倍的resE基因研究發現,破壞resE基因會延緩生物膜的形成,并降低細菌根部定殖能力。SQR9的蛋白質組數據為篩選在根際菌與植物互作中起重要作用的蛋白,提供了有價值的參考。
我們的技術服務iTRAQ,生物信息學GO、pathway分析等。

Zhou, D.H. et al. Comparative proteomic analysis of different Toxoplasma gondii genotypes by two-dimensional fluorescence difference gel electrophoresis combined with mass spectrometry. Electrophoresis 35, 533-45 (2014).
【研究內容】:比較4種不同品系的弓形蟲蛋白質組的差異,利用雙向熒光差異凝膠電泳技術(DIGE),找到110個差異表達的蛋白質點,其中98個蛋白點被質譜鑒定出屬于56種蛋白質。通過GO、KEGG分析,結果表明這些差異蛋白參與生物調控、代謝、應激反應、抗氧化等過程和糖酵解/糖異生途徑。
我們的技術服務:熒光差異雙向電泳技術DIGE)、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定、生物信息學分析(GO、KEGG分析)等。

 
Zhou, J. et al. Characterization and Proteome Analysis of Inosine 5-Monophosphate Dehydrogenase in Epidemic Streptococcus suis Serotype 2. Curr Microbiol (2014).
【研究內容】:Ⅱ型豬鏈球菌是比較常見的人畜共患的病原體,近來發現一種肌苷5-磷酸脫氫酶缺失的Ⅱ型豬鏈球菌的致病力降低。為了研究其致病力降低機理,通過蛋白質組學的實驗技術,將缺失型和野生型Ⅱ型豬鏈球菌進行蛋白質組的差異比較,發現并鑒定出缺失型菌株中磷酸丙糖異構酶(TPI)、GAPDH表達降低。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定等。
 

Zhang, F. et al. Up-regulation of protein tyrosine nitration in methamphetamine-induced neurotoxicity through DDAH/ADMA/NOS pathway. Neurochem Int 62, 1055-64 (2013).
【研究內容】:急性甲基安非他明(METH)處理的大鼠大腦的DDAH1的表達量提高,暗示蛋白質酪氨酸硝化的提高是通過DDAH/ADMA/NOS通路介導的。用METH處理大鼠和PC12細胞后,利用穩定同位素標記(SILAC)技術和其他蛋白質組學實驗技術分析,發現METH激活DDAH/ADMA/NOS通路,27種蛋白質表達量提高。生物信息學分析顯示這些蛋白質是激活Cdk5、細胞骨架結構、核糖體功能的重要因子。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括穩定同位素標記(SILAC)、質譜鑒定、生物信息學分析等。

 
Zhou, D.H. et al. Changes in the proteomic profiles of mouse brain after infection with cyst-forming Toxoplasma gondii. Parasit Vectors 6, 96 (2013).
【研究內容】:研究弓形蟲感染小鼠后大腦蛋白質的應答。弓形蟲感染小鼠后,利用蛋白質實驗技術,發現60個蛋白點有表達差異,鑒定出45種蛋白與感染后應答有關。經過GO分析,發現這45種蛋白質參與代謝、細胞結構、信號轉導、免疫應答等過程。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定、生物信息學分析(GO分析)等。
 

Wu, Q. et al. Transcriptional engineering of Escherichia coli K4 for fructosylated chondroitin production. Biotechnology progress 29, 1140-1149 (2013).
【研究內容】:研究大腸桿菌K4的莢膜多糖合成的相關蛋白。過表達SlyA基因,使得大腸桿菌K4的莢膜多糖高表達,利用同位素相對標記與絕對定量(iTRAQ)技術,發現77種蛋白表達量提高、143種蛋白表達量降低。KEGG分析表明此菌株的糖酵解、TCA循環減弱,而與莢膜多糖合成有關的蛋白質表達水平上升。
我們的技術服務:同位素相對標記與絕對定量技術iTRAQ)、RPLC-MS質譜鑒定、生物信息學分析等。

 
Ye, Y. et al. Quantitative proteomics by amino acid labeling in foot-and-mouth disease virus (FMDV)-infected cells. J Proteome Res 12, 363-77 (2013).
【研究內容】:研究口蹄疫病毒感染IBRS-2細胞的相關機制。利用穩定同位素標記(SILAC)技術標記細胞,鑒定出感染病毒后的細胞有1260種蛋白質存在差異,而病毒有2種蛋白質存在變化。然后對這些蛋白質進行生物信息學分析,發現它們參與內溶酶體蛋白酶系統、細胞周期、細胞生長和繁殖、免疫細胞遷移等過程。
我們的技術服務SILAC標記測試、蛋白質提取純化及酶切、液相分離和收集多肽組分、LTQ-Obitrap液質聯用、蛋白質鑒定和定量比較、生物信息學分析等。
 

Qiu, N., Liu, W., Ma, M., Zhao, L. & Li, Y. Differences between fertilized and unfertilized chicken egg white proteins revealed by 2-dimensional gel electrophoresis-based proteomic analysis. Poult Sci 92, 782-6 (2013).
【研究內容】:比較受精和未受精的雞蛋的白蛋白差異,采用蛋白質組學實驗技術,發現2種雞蛋內存在豐度相差10倍的蛋白質,它們包括1種卵白蛋白及其相關的6種蛋白Y,這些蛋白質在雞胚早期發育中可能起著重要作用。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定等。

 
Sun, H. et al. Differences in grain ultrastructure, phytochemical and proteomic profiles between the two contrasting grain Cd-accumulation barley genotypes. PLoS One 8, e79158 (2013).
【研究內容】:對高積累和低積累重金屬鎘的大麥在超顯微結構、植物化學和蛋白質組進行差異分析。采用蛋白質組學實驗技術,結果表明高積累鎘的大麥-浙農8有17種蛋白表達量比低積累的W6nk2高,其中包括z型絲氨酸蛋白酶抑制、絲氨酸蛋白酶抑制Z7和α-淀粉酶/胰蛋白酶抑制劑、碳水化合物代謝、蛋白質合成和信號轉導相關蛋白;浙農8有12種蛋白比W6nk2表達量低,其中包括大麥胰蛋白酶抑制劑氯仿/甲醇可溶性蛋白、胰蛋白酶抑制劑、脫氫抗壞血酸還原酶(DHAR)和一些抗病毒相關的蛋白質。
我們的技術服務:蛋白質抽提、純化分離、定量比較,MALDI-TOF/TOF質譜鑒定等。
 

Liu, H. et al. Heat stress-induced response of the proteomes of leaves from Salvia splendens Vista and King. Proteome Sci 11, 25 (2013).
【研究內容】:將一串紅vitas(耐熱)和king(熱敏)置于熱應激環境中,對葉片蛋白質提取純化,通過蛋白質組學實驗,鑒定出33種與耐熱有關的蛋白質。通過GO分析,大部分蛋白質參與光合作用、代謝、蛋白質加工、應激應答。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗,包括蛋白質提取純化、質譜鑒定、生物信息學分析(GO分析)等。

 
Liu, Y., Qiu, N. & Ma, M. Comparative proteomic analysis of hen egg white proteins during early phase of embryonic development by combinatorial peptide ligand library and matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight. Poult Sci 92, 1897-904 (2013).
【研究內容】:鑒定雞蛋的白蛋白在雞胚胎發育過程中的變化及潛在的生物學功能。分別取發育0天和7天的胚胎白蛋白,進行蛋白質組學實驗,發現54種蛋白點具有顯著差異,19個蛋白點與胚胎發育有關。許多前體在發育7天的胚胎內表達量升高,包括ovoinhibitor前體、clusterin前體、載脂蛋白D前體、胞外脂肪酸結合蛋白前體。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定等。
 

Li, Y. et al. Production of biomass and lipid by the microalgae Chlorella protothecoides with heterotrophic-Cu(II) stressed (HCuS) coupling cultivation. Bioresour Technol 148, 283-92 (2013).
【研究內容】:利用HCuS方法可以提高小球藻的生物產量和脂質產量,然后通過蛋白質組學實驗技術,發現30種差異表達的蛋白質與產量提高有關。通過GO分析這些蛋白,發現它們參與碳水化合物代謝、固碳、TCA 循環、脂質代謝、蛋白質的生物合成、ATP 和 RNA 生物合成、核苷酸代謝和活性氧的清除。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白分離和差異比較、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定、生物信息學分析(GO分析)等。

 
Lan, T.Q., Wei, D., Yang, S.T. & Liu, X. Enhanced cellulase production by Trichoderma viride in a rotating fibrous bed bioreactor. Bioresour Technol 133, 175-82 (2013).
【研究內容】:在纖維床生物反應器中提高綠色木霉的纖維素酶產量。綠色木霉分別游離培養于攪拌式反應器 (STR)和固定培養于旋轉纖維床生物反應器 (RFBB),結果RFBB中纖維素酶產量比STR高。然后通過蛋白質組學實驗技術比較兩者的發酵液中的蛋白質差異,鑒定出24種差異蛋白。質譜分析結果數據表明糖水解酶CBH II和葡聚糖酶EG II在RFBB中高表達,而CBH I和 EG IV在STR中高表達。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定等。
 

Han, P. et al. Transcript and Protein Profiling Analysis of the Destruxin A-Induced Response in Larvae of Plutella xylostella. PLoS One 8, e60771 (2013).
【研究內容】:研究腐敗菌素A(dtx A)對昆蟲的毒性機理。小菜蛾幼蟲被注入dtx A后,通過數字基因(DGE)和蛋白質組學實驗技術,發現1584種基因和42種蛋白參與dtx A的毒害過程。生物信息學分析結果表明這些蛋白包括以下種類:生長和發育相關的蛋白、代謝相關蛋白質、細胞骨架蛋白、毒性反應相關蛋白。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括MALDI-TOF/TOF質譜、生物信息學(GO聚類、KEGG)分析等。

 
Dai, H. et al. Comparative proteomic analysis of aluminum tolerance in Tibetan wild and cultivated barleys. PLoS One 8, e63428 (2013).
【研究內容】:研究野生型西藏大麥對酸性土壤中金屬鋁的抗性機理。將鋁抗性、鋁敏感的野生型西藏大麥和鋁抗性品系Dayton一起進行鋁脅迫處理,通過蛋白質組學實驗技術,比較這三者的蛋白表達差異,發現35種大麥鋁抗性相關的蛋白質。根據生物信息學分析,這些蛋白質參與代謝、能量、細胞生長/分裂、蛋白質生物合成、蛋白質定位/存儲、信號轉導、疾病或防御等。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白提取分離、定量比較、蛋白鑒定、生物信息學分析等。
 

Cao, H. et al. Identification of up-regulated proteins potentially involved in the antagonism mechanism of Bacillus amyloliquefaciens G1. Antonie Van Leeuwenhoek 103, 1395-404 (2013).
【研究內容】:研究Bacillus amyloliquefaciens菌株G1的抗菌機制,對具有抗菌作用的B. amyloliquefaciens菌株G1和無抗菌作用的B. amyloliquefaciens菌株進行蛋白質差異對比,發現并鑒定35種蛋白質在G1菌株中的表達量上升。通過KEGG分析,發現高水平的能量代謝、生物合成、抗逆性在G1的抗菌機制中起著重要作用。
我們的技術服務:蛋白質組學技術,包括MALDI-TOF/TOF質譜鑒定、生物信息學分析(KEGG分析)。

 
Qiu, N. et al. Proteomic analysis of egg white proteins during the early phase of embryonic development. J Proteomics 75, 1895-905 (2012).
【研究內容】:研究雞胚發育第一星期內的總體白蛋白的變化以期探明雞蛋的白蛋白生物學功能。采用蛋白質組學實驗技術,發現胚胎發育前后有50個蛋白點(屬于8種蛋白質)存在顯著豐度變化。數據分析顯示這些蛋白質包括卵白蛋白、雞蛋清、前列腺素D2合成酶、溶菌酶C、卵清蛋白相關蛋白Y等。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白分離、純化、定量比較和蛋白鑒定等。
 

Li, Y. et al. Proteomic analysis on N, N'-dinitrosopiperazine-mediated metastasis of nasopharyngeal carcinoma 6-10B cells. BMC Biochem 13, 25 (2012).
【研究內容】:研究鼻咽癌細胞被二亞硝基哌嗪(DNP)處理后的代謝差異。對DNP處理后的6-10B細胞進行穩定同位素標記(SILAC),找到371種顯著差異表達的蛋白質。GO分析結果顯示DNP可能調控蛋白質合成、細胞遷移、脂質代謝、分子運輸、細胞生長和繁殖。
我們的技術服務:穩定同位素標記(SILAC)、LTQ-Obitrap液質聯用、蛋白質鑒定、生物信息學分析。


Fan, H. et al. Quantitative proteomics using stable isotope labeling with amino acids in cell culture reveals protein and pathway regulation in porcine circovirus type 2 infected PK-15 cells. J Proteome Res 11, 995-1008 (2012).
【研究內容】:研究Ⅱ型豬圓環病毒(PCV2)感染PK-15細胞的發病機制和相互作用。利用穩定同位素標記(SILAC)技術標記細胞,鑒定了1341種蛋白質,找到PCV2感染PK-15細胞前后具有顯著表達差異的163種蛋白質。生物信息學分析顯示這些蛋白質參與底物運輸、細胞骨架變化和應激反應。
我們的技術服務SILAC技術標記效率測試、蛋白質提取純化酶切、LC-MS/MS (液相色譜-質譜聯用)、質譜數據分析、生物信息學分析等。
 

Zhou, D.H. et al. Modulation of mouse macrophage proteome induced by Toxoplasma gondii tachyzoites in vivo. Parasitol Res 109, 1637-46 (2011).
【研究內容】:研究弓形蟲感染小鼠巨噬細胞的相關蛋白質。弓形蟲感染小鼠細胞后,利用雙向電泳及質譜,鑒定出60個蛋白質點豐度有差異,38種蛋白(對應于52個蛋白質點)與感染過程有關。GO分析結果表明這些蛋白質主要參與代謝、細胞結構、蛋白質命運和免疫應答等。
我們的技術服務:蛋白質組學技術,包括蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定、生物信息學分析等。

 
Li, G. et al. Protein expression profiling in the zebrafish (Danio rerio) embryos exposed to the microcystin-LR. Proteomics 11, 2003-18 (2011).
【研究內容】:研究微囊藻毒素LR(MCLR)處理前后的斑馬魚胚胎的蛋白質表達差異以期發現MCLR的毒性機理。利用蛋白質組學實驗技術,發現MCLR處理前后的斑馬魚胚胎有75個蛋白點(屬于40種蛋白質)存在表達差異。生物信息學分析顯示這些蛋白質參與氧化應激、能量代謝和細胞骨架組裝的過程。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白分離、定量比較、蛋白質質譜鑒定、生物信息學分析等。
 

Hong, Y. & Xu, G.X. Proteome changes during bone mesenchymal stem cell differentiation into photoreceptor-like cells in vitro. Int J Ophthalmol 4, 466-73 (2011).
【研究內容】:研究骨髓間充質干細胞(BMSC)在分化為光感受器細胞樣細胞過程中的蛋白質組的變化。對BMSC及其分化的光感受器細胞樣細胞進行熒光差異雙向電泳(DIGE),發現有32種蛋白質有差異。
我們的技術服務:熒光差異雙向電泳(DIGE)、蛋白質提取純化、質譜鑒定蛋白質。

 
Dong, H. et al. Roles of the spiA gene from Salmonella enteritidis in biofilm formation and virulence. Microbiology 157, 1798-805 (2011).
【研究內容】:研究spiA基因在腸炎沙門氏菌的生物膜構成和毒力形成的作用。比較spiA基因突變菌株和野生型菌株在形態、生長曲線、侵入上皮細胞特性和生物膜的特性等方面的異同,確定spiA參與到沙門氏菌的生物膜和毒力的形成。
我們的技術服務: 蛋白質組學技術,包括蛋白質提取純化、質譜鑒定蛋白質等。
 

Song, C., Zeng, F., Feibo, W., Ma, W. & Zhang, G. Proteomic analysis of nitrogen stress-responsive proteins in two rice cultivars differing in N utilization efficiency. Journal of Integrated Omics 1, 78-87 (2010).
【研究內容】:研究2種水稻品系在氮脅迫中蛋白質組的變化。正常氮素營養液和無氮素營養液培養水稻幼苗,提取葉分蛋白質,采用蛋白質組學技術,分別找到12、36種蛋白在2種水稻品系的氮脅迫中起作用,鑒定出31種蛋白質,其中包括6種應激誘導蛋白。
我們的技術服務:蛋白質組學技術,包括葉片蛋白質提取純化、MALDI-TOF/TOF質譜鑒定蛋白質等。

 
Bah, A.M. et al. Comparative proteomic analysis of Typha angustifolia leaf under chromium, cadmium and lead stress. J Hazard Mater 184, 191-203 (2010).
【研究內容】:研究90日齡和130日齡的狹葉香蒲分別對重金屬鉻、鎘和鉛的應答。重金屬處理植株后,使用蛋白質組學實驗技術來比較這2種日齡的狹葉香蒲葉片的蛋白質的差異變化,找到并鑒定26種蛋白質與狹葉香蒲中重金屬鉻、鎘和鉛反應相關。經過質譜數據分析,發現26種蛋白質包括鉻誘導表達的ATP 合成酶、RuBisCO的小亞基、糞卟啉原III氧化酶、鎘誘導的RuBisCO大亞基、改進的RuBisCO活化酶。
我們的技術服務:蛋白質組學實驗技術,包括蛋白分離、定量比較、蛋白質質譜鑒定等。

Fang, S., Zeng, F. & Guo, Q. Comparative proteomics analysis of cytokeratin and involucrin expression in lesions from patients with systemic lupus erythematosus. Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai) 40, 989-95 (2008).
【研究內容】:研究系統性紅斑狼瘡病人損傷部位中細胞角蛋白和膜蛋白的表達和分布情況。利用蛋白質組學技術和免疫組化實驗,分析系統性紅斑狼瘡病人損傷組織和正常對照組的蛋白表達差異,發現角蛋白1(K1)/K10和新合成的K6/K16在病人


Xi, L. et al. Differentially expressed proteins of pathogenic Penicillium marneffei in yeast and mycelial phases. J Med Microbiol 56, 298-304 (2007).
【研究內容】:馬爾尼菲青霉菌存在溫度雙相性開關,即在25℃生長為絲狀真菌,而在37℃生長為單核酵母細胞。為了研究馬爾尼菲青霉菌溫度雙相性的機制,利用熒光差異雙向電泳技術(DIGE),對兩種狀態的真菌細胞進行蛋白質組差異比較,發現500個蛋白點存在表達差異,其中26種蛋白質在酵母細胞形態中表達上升,2種蛋白質在此形態中表達下降。生物信息學分析表明這些蛋白質屬于熱休克蛋白家族、過氧化氫酶家族、乙醛酸支路的酶、氨基酸代謝相關蛋白、能量代謝相關蛋白。
我們的技術服務:熒光差異雙向電泳技術(DIGE)、MALDI-TOF質譜鑒定、生物信息學數據分析等。


Fu, H. et al. Mitochondrial proteomic analysis and characterization of the intracellular mechanisms of bis(7)-tacrine in protecting against glutamate-induced excitotoxicity in primary cultured neurons. J Proteome Res 6, 2435-46 (2007).
【研究內容】:研究線粒體蛋白質在谷氨酸誘導的興奮性中毒所起的作用,并研究雙(7)他克林的保護作用。通過熒光差異雙向電泳技術(DIGE),比較谷氨酸處理組、對照組的線粒體蛋白質組的差異,發現29種蛋白質有明顯的表達差異。然后對谷氨酸處理組加入雙(7)他克林,與原谷氨酸處理組對比,發現29種蛋白質中有22種蛋白可以獲得回復。生物信息學分析表明這些差異表達蛋白質大部分參與能量代謝、氧化應激和凋亡過程。
我們的技術服務:蛋白質提取純化、熒光差異雙向電泳技術(DIGE)、蛋白斑點差異分析、蛋白質質譜鑒定、生物信息學數據分析等。


Qiu, M., Z. Xu, X. Li, Q. Li, N. Zhang, Q. Shen and R. Zhang (2014). "Comparative Proteomics Analysis of Bacillus amyloliquefaciens SQR9 Revealed the Key Proteins Involved in in Situ Root Colonization." J Proteome Res 13(12): 5581-5591.
【研究內容】:主要研究解淀粉芽孢桿菌SQR9與植物根部定殖相關的關鍵蛋白。取游離的SQR9菌株和植物根部定殖后的SQR9菌株,采用iTRAQ的技術,比較兩者的蛋白質組差異,鑒定到755種蛋白,在定殖菌株中有78種蛋白上調、95種蛋白下調。GO分析發現這些差異蛋白涉及生物控制、解毒、生物膜形成、細胞遷移、趨化性、運輸、植物多糖降解等等。ResE蛋白在定殖菌株中的表達量是游離菌株的100倍,當破壞resE基因時,延遲生物膜的形成、降低根部定殖能力。
我們的技術服務:iTRAQ技術,包括蛋白質提取純化、標記物標記多肽、二維液相色譜(LC/MS-MS)及質譜鑒定、生物信息學分析(GO分析)等

 

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